İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı 124 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamede yer alan Kontrolörlük Daire Başkanlığı ile Destek Hizmetleri Daire Başkanlığının 190 sayılı Kanun Hükmünde Kararname uyarınca birleştirilmesiyle oluşturulmuştur.