Kabul edilen ve sözleşmesi imzalanan proje için; TÜBİTAK tarafından hesap açılması istenmektedir. Hesap açılıp sisteme tanımlandıktan sonra, bütçelerin aktarılması beklenmektedir. Bütçeler aktarılıp proje aktif olduğunda satın alma ve diğer işlemlere başlanabilir.
Projenin, bilimsel, teknik, idari, hukuki, ve mali bakımlardan, proje sözleşmesine ve TÜBİTAK mevzuatlarına uygun bir şekilde yürütülmesi ve bu işlemler sırasındaki her türlü kusur ve ihmalden sorumludur.
TÜBİTAK kaynaklarından edinilen demirbaşlar, ilgili birimin ayniyatına kaydedilip proje yürütücüsüne, proje çalışmaları boyunca kullanılmak üzere zimmetlenir. Proje izleme sürecinde TÜBİTAK, tamamı TÜBİTAK destekleriyle satın alınan makine ve teçhizatın, diğer araştırmalarda farklı kişilere kullandırılmasını talep etmek yetkisine sahiptir. Bu yetki projenin yürütülmesini etkilemeyecek şekilde kullanılır ve proje yürütücüsü ile proje yürütücüsü kuruluş, TÜBİTAK ’in talebi doğrultusunda işlem yapmayı kabul eder.
Kurum hissesi, projenin yürütülmesi ve sonuçlandırılması aşamasında kurumun imkânlarından faydalanılması karşılığı, projenin yürütüldüğü kurumun AR-GE faaliyetlerinde kullanılmak şartıyla proje bütçesine dâhil edilen ödenektir. AR-GE faaliyetleri dışında harcanması mümkün olmayıp, sorumluluk kuruma aittir.
Projenin gelişme raporları ve izlenmesinden proje yürütücüsü tek başına sorumludur. Gelişme raporları, proje yürütücüsü tarafından proje sözleşmenin 5 inci maddesinde belirtilen tarihlerde, TÜBİTAK tarafından hazırlanmış olan format ve usullere uygun olarak gönderilir. Gelişme raporlarının sözleşmede belirtilen tarihlerde gönderilmemesi ve TÜBİTAK tarafından kabul edilen bir gerekçe bildirilmemesi halinde ve uyarı yazısına rağmen gelişme raporu gönderilmediği hallerde, projenin iptaline ilişkin hükümler uygulanır. TÜBİTAK gerekli gördüğü hallerde projenin gelişimini bilimsel, teknik, idari ve mali açılardan izlemek ve denetlemek üzere yerinde inceleme yapabileceği gibi proje izleyicisi de görevlendirebilir. Ayrıca, proje ekibini bilgi vermek üzere davet edebilir.
Sözleşmede belirtilen tarihlerde iletilen proje gelişme raporlarının ve sonuç raporunun kabulü ve TÜBİTAK’ın ödenmesini uygun görmesi halinde, proje sözleşmesi ekinde yer alan “Proje Teşvik İkramiyesi Ödeme Planı”nda raporun kapsadığı dönem için belirlenen proje teşvik ikramiyesi proje özel hesabına transfer edilerek, proje yürütücüsünün talebi üzerine ilgili Mevzuat çerçevesinde yürütücü ve araştırmacı/danışmanların banka hesaplarına Proje yürütücüsü kuruluş tarafından yasal kesintiler yapılarak havale edilir.
Proje yürütücüsü tarafından önerilen ve TÜBİTAK tarafından onaylanan kişiler, TÜBİTAK projelerinde araştırmacı olarak yer alabilirler. Bu kişilerin; Kurum içinden veya dışından olmaları TÜBİTAK projelerinde yer almaları konusunda bir engel teşkil etmemektedir. 2547 Sayılı kanuna tabi olmaları veya hiçbir yerde çalışmıyor olmaları gerekmektedir.
TÜBİTAK projelerinde; lisans, yüksek lisans ve doktora öğrencileriyle, doktora sonrası araştırmacılar bursiyer olarak görev alabilmektedirler. Bu şartları sağlayan öğrenci ve araştırmacıların, herhangi bir yerde çalışıp çalışmamaları, bursiyer olmaları konusunda engel teşkil etmemektedir. Eğitimlerine/araştırmalarına projenin yürütüldüğü üniversitede devam etmeleri şartı yoktur.
5510 sayılı Kanunun 4/C maddesi kapsamında çalışan bursiyerler hariç, diğer tüm bursiyerler SGK kapsamına alınmaktadır. Dolayısıyla bu tür bursiyerler, proje yürütücüsü tarafından projeye dâhil edilse bile, SGK girişi yapılmadı ise, projeye resmi girişleri yapılmamış sayılır ve ücret alamazlar.
Proje yürütücüsünün kurum değiştirmesi halinde; proje yürütücüsü, kurum değişikliğini, projenin yeni Kurumda yürütülebileceğine dair yeni Kurum yetkilisinden aldığı “projenin kurumunda yürütülmesine izin verdiğine; Kurum sıfatı ile projeye gerekli desteği vereceğine; proje sözleşmesi hüküm ve şartlarını bildiğine ve bu hüküm ve şartlara uymayı kabul ve taahhüt ettiğine” dair yazıyı ve Esaslar uyarınca yeni kurumu ile yapacağı fikri hak sahipliğini düzenleyen protokolü TÜBİTAK’a iletir. Bu husustaki talep, TÜBİTAK tarafından karara bağlanır. Talebin uygun bulunması halinde, proje kapsamında daha önce alınan teçhizat ve niteliğine bağlı olarak kalan sarf malzemeleri, proje sonuçlandığında iade edilmek üzere, projenin yürütüleceği kuruma proje yürütücüsü tarafından zimmetli olarak götürülebilir. Bu husustaki talep, proje yürütücüsünün gerekçeli başvurusu üzerine TÜBİTAK tarafından karara bağlanır.