Proje hesabını tutan muhasebe birimi tarafından her proje için hesap açma dilekçesi verilmek suretiyle banka nezdinde özel hesap açılır. Henüz desteklenmesi kesin olmayan projelere ilişkin olarak, hibeyi sağlayan kuruluş tarafından banka hesap numarasının bildirilmesi istenildiği takdirde, muhasebe birimince hibe sağlanmadan önce de banka nezdinde özel hesap açtırılabilir.
Proje yürütücüsü, harcamaların proje şartları ve amaçlarına uygun, etkin ve verimli olarak kullanılmasından ve proje kaynaklarının etkin ve verimli kullanılmamasından doğacak her türlü zararın tazmininden sorumludur.
Özel hesapta bulunan tutarlar; proje sözleşmesine uygun olarak, konaklama, seyahat ve iaşe harcamaları, tüketim malı ve malzemesi, demirbaş, makine–teçhizat ve hizmet alımları ile proje kapsamındaki diğer giderler için kullanılır.
Projeye ilişkin muhasebe kayıtlarında, ödemelerde ödemenin yapıldığı, avansların mahsubunda avans ödemesinin yapıldığı, diğer işlemlerde ise işlemin yapıldığı tarihteki özel hesabın bulunduğu bankanın döviz alış kuru esas alınır. Özel hesaba aktarılan dövizler ve bu dövizlerin değerlemesine ilişkin işlemlerde ise Türkiye Cumhuriyet Merkez Bankası döviz satış kuru esas alınır.
Proje kapsamında verilecek avanslar ve yapılacak ödemeler, proje yürütücüsünün karar veya talimatı çerçevesinde sınırlamaya tabi olmaksızın yapılır. Mal veya hizmet alımı için verilecek avanslar, proje mutemedine verilir. Mutemet görevlendirilmesine ilişkin yazıda, mal veya hizmetin ne kadar süre içinde alınacağı ve avansın hangi süre içinde mahsup edileceği belirtilir. Proje yürütücüsü, yukarıda yer alan kurallar çerçevesinde kendisi de avans kullanabilir.
Temin edilen hibeler ve bu hibelerden yapılacak ödemelere ilişkin belgelerin asılları, gerektiğinde projenin denetimi ile görevli denetçiye verilmek üzere harcama birimi tarafından, onaylı suretleri ise projenin ödemelerini gerçekleştiren muhasebe birimi tarafından, muhasebeleştirme belgesine ekli olarak düzenli bir şekilde muhafaza edilir.
Yapılacak mal veya hizmet alımlarına ilişkin ödemelerde, ödeme karşılığında alınan fatura veya fatura yerine geçen belge, ücret bordrosu gibi belgelerin bağlanması esas olup, bunun dışında 31/12/2005 tarih ve 26040 mükerrer sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan Merkezi Yönetim Harcama Belgeleri Yönetmeliği hükümleri kıyasen uygulanır. Harcamanın türüne göre, zorunlu hallerde bu belgeler dışında harcamaya ilişkin diğer belgeler de kullanılabilir. Yapılan harcamalarda kullanılan kanıtlayıcı belgeler, harcamalara esas teşkil eder. Bu belgelerin içeriğinden ve doğruluğundan harcamayı gerçekleştirenler sorumludur. Hibe karşılığı proje hesabını tutan muhasebe yetkilisinin sorumluluğu, giderlerin kanıtlayıcı belgelere dayanılarak doğru şekilde muhasebeleştirilmesi, evrakların denetime sunulmak üzere saklanması ve raporlanması ile sınırlıdır.
9.12.2010 tarih ve 27790 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak 01.01.2011 tarihinde yürürlüğü giren yeni 6085 sayılı Sayıştay Kanunu'nun 4 üncü Maddesinin (c) bendi gereğince Avrupa Birliği fonları dahil yurt içi ve yurt dışından sağlanan diğer kaynakların ve fonların kullanımı Sayıştay'ın denetimine tabi olmuştur.
Proje kapsamında yapılacak seyahatlere ilişkin gündelikler varsa proje kapsamında belirtilen hükümlere göre ödenir. Proje sözleşmesinde herhangi bir hüküm bulunmaması halinde yurt içi seyahatler için; 6245 sayılı Harcırah Kanununun 33 üncü maddesinin (a) fıkrasına göre ödenecek gündeliğin iki katı olarak ödenir. Yurtdışı seyahatlerde ise harcırah kanunu hükümleri uygulanır. Ayrıca konaklama ücretleri belgelendirilmek şartıyla Harcırah Kanununun 33 üncü maddesinin (a) fıkrasına göre ödenecek gündeliğin dört katı olarak belge tutarını geçmemek şartıyla ödenir.
Her bir proje bağımsız olarak değerlendirilmektedir.