2010 yılında kurulan AYBÜ Felsefe Bölümünde; Felsefe Tarihi, Sistematik Felsefe ve Mantık, Türk İslam Düşüncesi Tarihi olmak üzere üç Ana Bilim Dalı mevcuttur:
FELSEFE TARİHİ ANA BİLİM DALI
Felsefe Tarihi Anabilim Dalının misyonu felsefenin çağlar içindeki gelişimini incelemek ve anlamak suretiyle bu harekete katılabilmenin alt yapısını hazırlayabilmektir. Bu bağlamda vizyonumuz ise bütün medeniyet çevrelerinde üretilmiş olan felsefi düşünceyi tanımak, anlamak ve anlamlandırmaktır. Böylelikle, medeniyetimizin ihtiyaç duyduğu bütünlüklü felsefî bakışı kazandırabilmek ve bu yolla da felsefi tutum geliştirebilmektir.
SİSTEMATİK FELSEFE VE MANTIK ANA BİLİM DALI
Sistematik Felsefe ve Mantık Anabilim Dalının vizyonu, insanlık tarihindeki felsefe etkinliğini öğretimde sistematik bir tarzda problematik olarak sunmaya çalışmaktır. Misyonu ise Felsefenin temel kuram, kavram ve problemleri, düşünsel tezleri, gerekçeleri varlık, bilgi, bilim, mantık, ahlâk felsefesi ve estetik açıdan klasik ve modern bağlamda eleştirel olarak irdelemek ve felsefe yapmayı öğreterek dengeli çözümler arayışına katkıda bulunmaktır.
TÜRK İSLAM DÜŞÜNCESİ TARİHİ ANA BİLİM DALI
Anabilim dalımız; çalışmalarını Türk ve İslam filozofları üzerinde yoğunlaştırmış olup, bu çerçevede İslam Öncesi Türk Düşüncesi, İslam Felsefesi, İslam Tasavvufu, IX- XV-XVI- XVIII. yüzyıllardaki Türk Düşüncesi, Çağdaş Türk Düşüncesi sayılabilir. Bu alanlarda üretilmiş sorunsallara ve verilmiş yanıtlara hakim olarak gelenekten beslenen bir felsefi tutum geliştirmek misyonumuzdur.